בתקופת המלחמה הוטלה על הגר"ח כהונת ראשות הישיבה. חותנו הגרא"י עלה לארץ ישראל בתש"א והפקיד בידיו האמונות את ניהול הישיבה הקדושה. מכאן ואילך היה קברניט הספינה. הוא שניווט אותה בין גליה הסוערים של המלחמה, הוא שהנחה אותה בטלטולי נדודיה ועליו נפל הנטל לדאוג לכלכלתם של שלוש מאות וחמישים בני הישיבה, רבניה ומשפחותיהם. קרוב לארבע מאות נפש היו אז תחת חסותו. הרבה מאוד תושיה, כח העזה, מוכנות ליטול סיכונים והתמצאות בנפתולי העולם הצריך תפקיד זה.