בניגוד למצופה, ר' חיים שלא מש כל ימיו מן האוהל ושרוי היה בעומקה של הלכה מאז עומדו על דעתו, גילה כישוריו גם בתחום זה ובסייעתא דשמיא מוחשית הצליח לרקום בפקחותו רשת תקשורת חשאית לתמיכה בבני הישיבה בשנחאי. היתה זו מלחמת מוחות מתמדת שהתנהלה מתחת לפני השטח, בין ר' חיים לבולשת היפנית. לא אחת הוזמן למשרדי הבולשת להשיב על שאלות. ר' חיים ידע היטב את סיפורי האימה שהילכו סביב ה'ז'נדמריה'. הללו רצחו אסירים ללא משפט, התעללו ועינו באכזריות חפים מפשע. בטרם לכתו לחקירות היה אומר ווידוי ונושא תפילה ממעמקי הלב שלא יכשל בלשונו ושיזכה לשוב הביתה. כעבור שנים, בנישואי בתו השלישית, תאר במילים נרגשות את אימתו טרם אחת החקירות: "שלושה דברים ביקשתי אז: כאשר אזכה לצאת מהגיהנום כאן. פטור נא אותי לתמיד מן העול הכספי, זכיני להשיא את בנותי לתלמידי חכמים וזכיני לגדל את בני לתלמידי חכמים. היתה לי אז הזכות לבקש, רבותי, כשאדם נמצא בפחד מוות יכול הוא לבקש!"