כששקעה שמשה של מיר ונפטר המשגיח ר' ירוחם שלח הגרא"י בקשה חמה להגר"י שישוב וימלא את החלל הגדול שנוצר. הגר"י היה דבוק בר' ירוחם מאוד ותחושת הכרת הטובה על שסלל את דרכו הרוחנית, עם רגש האחריות להמשיך ולהשפיע מתורת רבו לדור הצעיר הכריעה. הוא שב למיר כשהוא נפרד בלב כבד מתלמידיו בלומז'ה. התקופה היתה עם פרוץ מלחמת העולם השניה.  הישיבה ניצלה ובדרך חתחתים רצופה ניסים ונפלאות הגיעה לוילנא, ליפן ולשנחאי, באותה עת- מי שהחזיק את הישיבה בעידוד ובהרעפת טל תחיה של אמונה ובטחון היה הגר"י לוינשטיין. 

גם בארץ הקודש שמש תקופה כמשגיח עד שנקרא לישיבת פוניבז' המעטירה. משם יצא שמעו כגדול בתורה וביראה בכל רחבי העולם היהודי.